上海医工院共青团隶属于中央中央企业团工委，上海地区直管部门为上海团市委青工部，系统管辖为上海市经济和信息化系统团工委。近年来，院团委在院党委和上级团委的领导下，以邓小平理论、“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实党的十七届四中全会精神，深入贯彻落实科学发展观，按照团十六届三中全会、中央企业群众工作会议及院党委的工作要求，围绕医工院中心任务建功立业，以引导青年坚定理想信念为根本、以动员青年投身企业改革发展事业为核心、以服务青年成长成才为宗旨、以加强团的组织建设为主线，进一步推进团组织对青年的思想凝聚、组织凝聚、事业凝聚和服务凝聚，团结带领广大团员青年为实现医工院“一三四”发展战略，为推进医工院“做强主业增实力、科学发展上台阶”做出新的贡献。
        目前，院集团团委1个，下属团支部15个，团委委员7人，兼职团干部44人。现有青年员工900多人，团员270多人，青年党员220多人，在读研究生190多人。其中，具有大专大学及以上学历的430多人，已评定职称的180多人。
        近年来，院团委主动争取集团各级党政工领导的支持和帮助，从服务企业大局、服务青年成长成才出发，组织开展了“增强共青团员意识主题教育活动”“与祖国共奋进，与医工院同发展”主题教育实践活动等工作要求，还积极开展如“特色团支部创建计划”“青年创新创效活动”“青年岗号手及启明星评选活动”“青年科技能力建设”等等活动，在推动广大团员青年适应企业发展形势和要求，围绕岗位建功立业，提高自身工作技能，增强道德修养素质等方面做了许多积极有效的工作。
        近年中，先后有4个青年集体获得中央企业青年文明号称号，1名青年获得中央企业青年岗位能手称号；7个青年集体获得上海市青年文明号称号，2名青年获得上海市新长征突击手称号，4名青年获得上海市青年岗位能手称号；1个青年集体获得上海市优秀青年志愿者集体称号，3名青年获得上海优秀青年志愿者称号；1名青年担任上海市青联委员、1名青年担任静安区青联委员等等荣誉。院团委的工作多次获得团区委、街道团工委的表彰。
 随着上海世博会的临近，院团委在院党委和上级团组织的统一部署下，积极参与全市及社区各类志愿者行动和公益活动，提高医工院的社会知名度，树立医工院的良好企业形象，提升社会对医工院的认可度和美誉度。组织全院青年员工主动参加上级团组织开展“青春世博行动”，积极发挥多支青年志愿者队伍的作用，引导广大团员青年增强公益意识、弘扬志愿精神、展现青年风貌、促进和谐企业建设，进一步扩大团工作的覆盖面，提升团组织凝聚力和战斗力。